上海市基督教教务委员会是上海市基督教的教务组织。该会与上海市基督教三自爱国运动委员会是分工合作的关系。上海市基督教代表会议是该会的最高权力机构，会址设于西藏中路328号。1981年8月上海市基督教第四届代表会议成立了上海市基督教教务委员会，戚庆才当选为主席，孙彦理、沈以藩、程步云、黄祖贻、王矶法、张心田为副主席，尹襄为秘书长。1986年5月选出了第二届教务委员会，戚庆才当选为名誉主席，孙彦理当选为市教务委员会主席，王矶法、华耀增、任钟祥、沈以藩、张心田、黄祖贻、程步云当选为副主席，尹襄当选为秘书长。1992年6月选出了第三届教务委员会，孙彦理再次当选为主席，华耀增（常务）、王矶法、任钟祥、沈以藩、苏德慈、黄祖贻、曹圣洁、程竹坪、程步云、雷桐当选为副主席，傅先伟当选为秘书长。1997年10月7日上海市基督教第七届代表会议选举产生第四届教务委员会，曹圣洁当选为主席，华耀增（常务）、史奇珪、刘雅各、苏德慈、陆传芳、程竹坪、周飞、黄祖贻、杨安鼎当选为副主席，傅先伟当选为秘书长，尹襄为首席顾问，王矶法、甘贤贞、朱大卫、任钟祥、吴守仁、张心田、陈善祥、须启道、程步云、虞颂华10人当选为顾问。2002年10月31号至11月1日，举行了上海市基督教第八次代表会议。华耀增当选为上海市基督教教务委员会主席，史奇珪、刘雅各、苏德慈、陆传芳、周飞当选为副主席，颜志渊为秘书长。
　　
　　该会的主要工作是：一、对全市各堂的教务进行督促、协调；二、对不同的信仰观点和礼仪，主张互相尊重，以利走上教会合一的道路；三、培养与按立教牧圣职；四、制订必要的规章制度，组织交流各堂的事工经济。
　　
　　该会与上海市基督教三自爱国委员会简称为基督教"市两会"，目前，市两会机构下设八个教务事工组：一、学习事工组；二、圣事事工组；三、外事接待事工组；四、教会治理事工组；五、文字出版事工组；六、郊县（区）教会事工组；七、青年事工组；八、妇女事工组。另外，市"两会"机关还专设办公室、财务室、房产工作组等常设机构。